La Estructura Organizacional de la Agencia está basada en un enfoque integral de las actividades necesarias antes, durante y después de una emergencia o desastre.
- Oficina del Director
- Oficina Subdirector
- Oficina de Prensa y Relaciones Públicas
- Área de Administración
- División de Finanzas y Presupuesto
- División de Servicios Generales
- División de Recursos Humanos
- Centro de Sistemas de Información
- División de Preparación
- División de Recuperación
- División de Respuesta
- División de Mitigación
- Oficinas Regionales
Las 11 Oficinas Regionales denominadas Zonas, ubican en los siguientes municipios: