El municipio de Aguas Buenas está localizado en el lado oriente de la Cordillera Central de Puerto Rico. Por el norte colinda con Bayamón, Guaynabo y San Juan. Por el sur con Cidra y Caguas. Por el este con Caguas y por el lado oeste con Comerío.
Su territorio es moderadamente montañoso y se encuentra situado en la Sierra de Cayey. El mismo forma parte de la Cordillera Central. Los picos más altos están en el Barrio Mulitas, en el Palito en Cagüitas, La Tisa en Juan Asencio y La Marquesa en Jagüeyes.
La Ciudad de las Aguas Claras, Los Mulos, El Oasis de Puerto Rico y Los Ñocos.
